STT Jakarta telah mengadakan pergantian tim pemimpin dari periode 2011-2015 ke tim pemimpin periode 2015-2019 dengan Pdt. Yusak Soleiman, Ph.D. sebagai Ketua STT Jakarta yang baru. Pergantian ini dilakukan dalam acara Dies Natalis ke-81 STT Jakarta, pada Sabtu, 26 September 2015. Dalam acara tersebut, Yayasan LPTTI menyerahkan SK penugasan dan penyerahan atribut pemimpin kepada tim yang baru.
Ada dua hal yang menjadi ciri baru dari tim pemimpin yang baru.
Pertama, dimulainya posisi Pembantu Ketua 4 Bidang Relasi Publik yang dijabat oleh Pdt. Joas Adiprasetya, Th.D. Posisi ini diciptakan untuk menjawab kebutuhan STT Jakarta akan hubungan yang baik dengan mitra-mitra pendukung dan mencari pendukung baru untuk proses belajar mengajar.
Kedua, Pembantu Ketua 1 Bidang Akademik akan dibantu oleh 3 orang Kepala Prodi, yang akan menguatkan sinergi per prodi dalam rangka akreditasi dan kelancaran proses administrasi dan kurikulum yang baru. Hal ini juga dilakukan untuk menyiapkan proses internasionalisasi prodi S-1 dan S-2 yang akan dilakukan dalam dua tahun ke depan.
Berikut adalah susunan tim kepemimpinan periode 2015-2019:
Ketua: Pdt. Yusak Soleiman, Ph.D.
Pembantu Ketua 1 Bidang Akademik: Pdt. Agustinus Setiawidi, MA, Th.D.
Pembantu Ketua 2 Bidang Administrasi Umum dan Keuangan: Bambang Subandrijo, Ph.D.
Pembantu Ketua 3 Bidang Kemahasiswaan: Pdt. Binsar Jonathan Pakpahan, Ph.D.
Pembantu Ketua 4 Bidang Relasi Publik: Pdt. Joas Adiprasetya, Th.D.
Kepala Program Studi S-1: Pdt. Simon Rachmadi, M.Hum., MA., (Ph.D. cand.)
Kepala Program Studi S-2: Pdt. Justitia Vox Dei Hattu, Th.D.
Kepala Program Studi S-3: Pdt. Septemmy E. Lakawa, Th.D