STFT Jakarta telah menyelesaikan Audit Mutu Internal (AMI) untuk Tahun Akademik 2023-2024. Audit ini berlangsung dari Juni hingga Agustus 2025 dan mencakup 12 area, termasuk kepemimpinan, program studi sarjana, magister, dan doktor. Area lain yang diaudit adalah lembaga penelitian dan pengabdian masyarakat (LPPM), relasi publik, pusat kajian, serta bagian-bagian administrasi, keuangan, perpustakaan, dan formasi spiritual.
Proses audit melibatkan 10 auditor internal STFT Jakarta yang dipimpin oleh Pdt. Yonky Karman, Ph.D. Temuan-temuan dari audit ini telah dirangkum dalam laporan yang kemudian disampaikan kepada pimpinan. Laporan tersebut ditindaklanjuti dalam Rapat Tinjauan Manajemen yang telah dilakukan pada 28 Agustus 2025.
